Alejandro Alonso Marín
Enginyer Informàtic amb Màster en Computació d’Alt Rendiment
Acceleració de l’alineament de seqüències utilitzant arquitectures de processament en memòria
Acceleració de l’alineament de seqüències utilitzant arquitectures de processament en memòria
Descripció
Aquest projecte se centra en el disseny d'acceleradors de Processament en Memòria (PIM) per a càrregues de treball de biologia computacional. La seva feina explora com els algorismes limitats per la memòria, com l'alineació de seqüències i l'anàlisi de pangenomes, es poden optimitzar realitzant el càlcul directament a la memòria, reduint així les costoses transferències de dades. Combinant algorismes innovadors amb microelectrònica d'avantguarda, el seu projecte contribueix a construir solucions escalables i energèticament eficients per a pipelines genòmics a gran escala, donant suport directe a la recerca biomèdica i a les aplicacions sanitàries.Context
L'Alejandro va obtenir el seu grau en Enginyeria Informàtica per la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) el 2019. Posteriorment, va treballar durant dos anys al Sincrotró ALBA de Barcelona, adquirint experiència pràctica en entorns computacionals i d'enginyeria. El 2023, va completar un màster en Computació d'Alt Rendiment a la Universitat Politècnica de Catalunya (UPC). Actualment, està cursant el seu doctorat al Departament de Ciències de la Computació del BSC, on la seva recerca connecta el disseny d'algorismes i l'acceleració de maquinari per a la bioinformàtica, amb un enfocament en el Processament en Memòria (PIM).Iniciativa
L'Alejandro està motivat per la necessitat urgent de mètodes computacionals eficients en bioinformàtica i biomedicina, on els conjunts de dades massius desafien cada vegada més els sistemes convencionals. La seva recerca investiga algorismes i acceleradors de maquinari que exploten el Processament en Memòria (PIM) per reduir el moviment de dades, millorar el rendiment i permetre l'anàlisi genòmica gairebé en temps real. El suport de la Càtedra Chip és clau per validar i escalar aquests enfocaments, ja que connecta la innovació en microelectrònica amb les necessitats de la biologia computacional. Aprofitant aquest ecosistema, l'Alejandro aspira a contribuir al lideratge d'Europa en maquinari avançat, alhora que ofereix aplicacions d'impacte en la salut i la medicina personalitzada. Els interessos de recerca de l'Alejandro se centren en arquitectures de Processament en Memòria, acceleració de maquinari per a bioinformàtica, alineació de seqüències i reducció del moviment de dades en l'anàlisi genòmica a gran escala.
Organització
Supervisió
Santiago Marco-Sola
UPC supervisor
El contingut d'aquest lloc web reflecteix únicament els punts de vista del projecte Catedra Chip Chair UPC.
