Quim Aguado Puig
Enginyer Informàtic amb Màster en Computació d’Alt Rendiment
Alineació d’alt rendiment de seqüències biològiques en GPU
Alineació d’alt rendiment de seqüències biològiques en GPU
Descripció
Aquest projecte se centra en accelerar l'alineació de seqüències genòmiques utilitzant GPU en entorns de computació d'alt rendiment. L'objectiu és desenvolupar implementacions basades en GPU d'algorismes moderns d'alineació de seqüències, com l'algorisme bidireccional Wavefront (biWFA), per permetre una alineació ràpida i precisa de seqüències d'ADN ultra-llargues. El treball explora noves estratègies de paral·lelització i optimitzacions avançades de memòria, assegurant l'escalabilitat per a pipelines de genòmica a escala poblacional. En col·laboració amb Lenovo i la UPC, el projecte contribueix a solucions HPC heterogènies que integren GPU amb altres acceleradors, fomentant la medicina de precisió i la recerca biomèdica.Context
Quim Aguado és llicenciat en Informàtica i té un màster en Computació d'Alt Rendiment. La seva formació acadèmica combina el disseny d'algorismes, la programació paral·lela i la computació amb GPU, amb experiència internacional en recerca en genòmica computacional. S'ha especialitzat en l'aplicació d'arquitectures paral·leles d'alt rendiment per resoldre problemes a gran escala en bioinformàtica, particularment en l'alineació de seqüències i l'anàlisi de genomes.Iniciativa
El creixement exponencial de les dades genòmiques requereix mètodes computacionals més ràpids i eficients. Quim va triar aquesta recerca perquè les GPU ofereixen una oportunitat única per accelerar algorismes que són intensius tant en càlcul com en memòria. La seva motivació és reduir la bretxa entre la recerca algorítmica d'avantguarda i les aplicacions biomèdiques del món real, contribuint a una anàlisi genòmica més eficient per a la medicina personalitzada. En superar els límits de l'acceleració de GPU en genòmica, el seu treball té com a objectiu fer que l'anàlisi d'ADN a gran escala sigui factible i accessible, beneficiant en última instància la salut i el descobriment científic. Els interessos de recerca de Quim se centren en la computació d'alt rendiment, la programació de GPU, els algorismes d'alineació de seqüències i l'anàlisi de dades bioinformàtiques a gran escala.Organització
Supervisió
Santiago Marco-Sola
UPC supervisor
El contingut d'aquest lloc web reflecteix únicament els punts de vista del projecte Catedra Chip Chair UPC.
