Arquitectures heterogènies per a l’acceleració de l’alineament de seqüències ultra-llargues

Arquitectures heterogènies per a l’acceleració de l’alineament de seqüències ultra-llargues

Descripció

Aquest projecte se centra en el disseny d'un accelerador personalitzat i específic de domini per accelerar les tasques d'alineació de seqüències descarregant les parts intensives en càlcul i memòria a maquinari especialitzat. L'enfocament implica modelar i simular arquitectures híbrides utilitzant GEM5, per després implementar dissenys RTL, verificar-los i avançar cap a la síntesi física i la validació del disseny. El seu component connecta el processament de propòsit general i l'acceleració de maquinari, aprofitant el paral·lelisme de bits i les optimitzacions de programació dinàmica adaptades a les càrregues de treball d'alineació genòmica.

Context

L'Oscar va completar els seus graus d'Enginyeria Informàtica i Enginyeria Electrònica de Telecomunicació i posteriorment va cursar un Màster en Tecnologies Avançades de Telecomunicació, on es va especialitzar en el disseny digital de sistemes integrats i l'acceleració de maquinari. L'Oscar té una àmplia experiència en arquitectura de maquinari, disseny digital i entorns de simulació. Ha treballat amb arquitectures RISC-V i ha dissenyat acceleradors utilitzant fluxos de desenvolupament RTL, modelatge de maquinari i verificació. La seva experiència li permet navegar per la pila completa, des de la visió algorítmica d'alt nivell fins a la implementació de maquinari.

Iniciativa

Les càrregues de treball bioinformàtiques actuals, particularment l'alineació de seqüències de cadenes d'ADN ultra-llargues, exigeixen marcs de computació que les CPU o GPU convencionals tenen dificultats per gestionar de manera eficient. L'Oscar està motivat pel repte d'ampliar els límits dels acceleradors de maquinari personalitzats, conciliant la innovació algorítmica amb la implementació física. Busca fer més eficient l'anàlisi genòmica d'alt rendiment, reduint el cost, la potència i la latència, i facilitant així els avenços en medicina de precisió i genòmica a gran escala. Els interessos de recerca de l'Oscar inclouen arquitectures heterogènies, arquitectures RISC-V, disseny de maquinari específic de domini i acceleradors de maquinari per a l'alineació genòmica.

Investigador/a de Suport a la Recerca

Oscar Lostes Cazorla

Oscar Lostes Cazorla

Enginyeria Informàtica i Enginyeria Electrònica de Telecomunicació amb Màster en Tecnologies Avançades de Telecomunicació

Organització

Supervisió

Santiago Marco-Sola

UPC supervisor

El contingut d'aquest lloc web reflecteix únicament els punts de vista del projecte Catedra Chip Chair UPC.

Alineació d’alt rendiment de seqüències biològiques en GPU

Quim Aguado Puig

Investigador/a de Suport a la Recerca

Caracterització del rendiment de càrregues de treball CPU-GPU en sistemes de computació heterogenis d’alt rendiment

Ferran Llorà Nieto

Ferran Llorà Nieto

Investigador/a de Suport a la Recerca

Infraestructura heterogènia amb coherència de memòria cau per a la prototipació ràpida d’acceleradors de maquinari per a bioinformàtica

Eric Santigosa

Eric Santigosa

Investigador/a de Suport a la Recerca

Avaluació del rendiment i optimització d’acceleradors heterogenis per a càrregues de treball genòmiques

Álvaro Lucas Barceló

Álvaro Lucas Barceló

Investigador/a de Suport a la Recerca

Acceleració de l’alineament de seqüències utilitzant arquitectures de processament en memòria

Alejandro Alonso Marín

Alejandro Alonso Marín

Investigador/a de Suport a la Recerca

Acceleració de càrregues de treball pangenòmiques en arquitectures HPC

Albert Jiménez Blanco

Albert Jiménez Blanco

Investigador/a de Suport a la Recerca

Sidecar Project

Despertar vocacions científiques i tecnològiques a les escoles i instituts

Últimes notícies

Llegiu les darreres novetats en recerca i les nostres activitats

This site is registered on wpml.org as a development site. Switch to a production site key to remove this banner.